«محمد رفعت» در سال 1882 در مصر در حوالی قاهره چشم به جهان گشود و پدر او را محمد نام گذاشت. وی از کودکی با قرآن مأنوس بود و نقل شده که همان دوران در حالی که کودک خردسالی بود، برگهای قرآن را ورق میزد، و صفحات قرآن را با علاقه نگاه میکرد، اما شادی خانواده رفعت زیاد به طول نیانجامید و محمد در سن دو سالگی بر اثر بیماری بینایی خود را از دست داد.«حسنا رفعت» نوه «محمد رفعت» درباره بیماری پدر بزرگش میگوید: دو روایت درباره نابینایی «محمد رفعت» وجود دارد، اول آنکه وی کودکی زیبا بوده و مورد حسد قرار گرفته و دیگر آنکه چشمهای محمد مدتی دچار التهاب شده و وی بینایی خود را از دست داده است.
کسب گواهی حفظ قرآن در 15 سالگی
پدر محمد براساس عرف آن زمان فرزند را به مکتبخانه مسجد «بشتک» که در حوالی قاهره است سپرد و محمد در سن 10 سالگی فنون تجوید را به همراه قرائات سبعه فراگرفت و در 15 سالگی گواهی حفظ کل قرآن را دریافت کرد، همچنین پس از آن «محمد رفعت» موفق به کسب گواهی شیخی از اساتید الازهر شد، اما این شادی چندان ادامه نداشت زیرا در همان زمان پدر محمد دار فانی را وداع گفت و او سرپرستی خانواده را برعهده گرفت.
در همین دوران محمد برای اولینبار در یک مسجد به تلاوت قرآن پرداخت و مورد استقبال بالای مردم قرار گرفت که این نشانه ظهور یک ستاره درخشان در آسمان تلاوت بود.